Það eru nokkrar gerðir af smásjáum:
1. Ljóssmásjá (sjónsmásjá): Þetta er algengasta gerð smásjá sem notar sýnilegt ljós til að stækka hluti. Það hefur ýmsar gerðir, þar á meðal samsettar smásjár, steríó smásjár og stafrænar smásjár.
2. Rafeindasmásjá: Þessar smásjár nota rafeindageisla í stað ljóss til að búa til stækkaða mynd. Það eru tvær megingerðir: sending rafeindasmásjá (TEM) og skanna rafeindasmásjá (SEM).
3. Flúrljómun smásjá: Þessi tegund af smásjá notar flúrljómun til að sjá tiltekna hluta sýnis. Það er almennt notað í líffræði og læknisfræðilegum rannsóknum.
4. Confocal smásjá: Þessi smásjá notar laserskönnun til að búa til mjög nákvæmar myndir. Það er almennt notað í líffræðilegum rannsóknum og læknisfræðilegum myndgreiningum.
5. Fasa skuggasmásjá: Þessi smásjá eykur birtuskil gagnsæra og ólitaðra sýna, sem gerir þau sýnileg og auðveldara að rannsaka.
6. Skautunarsmásjá: Þessi smásjá er notuð til að rannsaka sjónfræðilega eiginleika kristalla og annarra efna með því að skauta ljós.
7. Stafræn smásjá: Þessi tegund af smásjá fangar stafrænar myndir og myndbönd af sýninu, sem gerir auðveldara að deila og greina.
8. Skönnunarsmásjár: Þessi tegund af smásjá getur rannsakað yfirborð með því að skanna rannsaka yfir sýnið. Það felur í sér atómaflssmásjár (AFM) og skönnun jarðganga smásjár (STM).
Þetta eru aðeins örfá dæmi um mismunandi gerðir af smásjám sem til eru. Hver tegund hefur sína sérstöku notkun og kosti, allt eftir fræðasviði og eðli úrtaksins sem fylgst er með.